|
|
Gene regulation in Clostridium beijerinckii NRRL B-598
Schwarzerová, Jana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The master’s thesis deals with the study of gene regulatory in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for inference gene regulatory network for C. beijerinckii NRRL B-598. The theoretic part describes basic nomenclature gene regulatory with the main focus on gene regulatory networks nomenclature. Laboratory methods which serve to obtain suitable gene describing express data are described there. These data are based on the study of gene regulatory and inference gene regulatory networks. The thesis is mainly focused on the RNA-Seq technology and brief description of laboratory data which were gathered using the strain C. beijerinckii NRRL B-598. In the practical part of the thesis pre-processing of these raw laboratory data and following gene regulatory research is performed which focuses on inference operons and creating first gene regulatory networks for C. beijerinckii NRRL B-598 using different approaches.
|
|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
Comparison and characterization of salivary proteins from Sergentomyia and Phlebotomus sand flies
Polanská, Nikola
Flebotomové (Diptera, Phlebotominae), drobný krevsající hmyz, jsou známí především jako přenašeči protist z rodu Leishmania, které způsobují medicínsky i veterinárně důležité onemocnění - leishmaniózu. Během sání samice vypouštějí sliny do hostitele, což jim umožňuje snadnější sání krve. Biologicky aktivní látky obsažené ve slinách flebotomů mají protizánětlivé účinky a schopnost ovlivnit hemostatický systém hostitele, čímž zabraňují srážení krve. Sliny také ovlivňují imunitu hostitele v místě sání a zvyšují tak pravděpodobnost nákazy různými patogeny, které flebotomové mohou přenášet. Slinné proteiny byly doposud zkoumány především u druhů flebotomů patřících do rodů Phlebotomus a Lutzomyia, zatímco flebotomové rodu Sergentomyia byli po dlouhou dobu přehlíženi. Proto jsme se v této disertační práci zaměřili na porovnání slinných proteinů druhů Phlebotomus perniciosus a Phlebotomus orientalis se slinnými proteiny druhu Sergentomyia schwetzi. Zmíněné druhy se liší nejen ekologií a zeměpisným rozšířením, ale i preferencí hostitele. Oba druhy rodu Phlebotomus upřednostňují jako hostitele savce většího či středního vzrůstu. Phlebotomus perniciosus saje především na králících, zajících a psech. Phlebotomus orientalis dává přednost sání na větších savcích, jako jsou krávy, kozy, ovce a případně i lidé....
|
|
|
Effects of peripheral inflammation on gene expression modulation in passerines and parrots
Kuttiyarthu Veetil, Nithya ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Hyršl, Pavel (oponent) ; Harazim, Markéta (oponent)
(in Czech) Ptáci hrají významné role při udržování ekologické rovnováhy jako predátoři, roznašeči semen, cyklátoři živin a opylovači, což z nich činí nedílnou součást mnoha ekosystémů. Ptáci jsou často vlajkovými druhy a jsou tak důležití pro ochranu volně žijících živočichů obecně. Některé ptačí populace jsou globálně propojené v důsledku migrace, což je činí náchylnými k epidemiím infekcí. Ptáci také čelí různým existenčním hrozbám v náročných podmínkách prostředí, od pouští po studené hory. Aby se vyrovnali s těmito různorodými prostředími, potřebují nejen fyziologické adaptace, ale také velmi dobře vybavený imunitní systém optimalizovaný na patogeny běžné v prostředí, které obývají. Jak dobře imunitní systém hostitele reaguje na patogeny, určuje celkovou fitness a přežití jedince. Vhled do funkce ptačích imunitních systémů je velmi důležitý, protože ptáci jsou zásobárnou nesčetných patogenů. Byli primárním zdrojem několika velkých epidemií vedoucích k celosvětovým úmrtím lidí a zvířat (např. Covid 19, ptačí chřipka, virus západonilské horečky). Podobně jako všechny živé bytosti jsou ptačí hostitelé a patogeny vždy v neustálém adaptačním závodě ve zbrojení. Tato koevoluce hostitelů a jejich patogenů tvoří základ vývoje imunitního systému hostitele. Patogeny využívají různé mechanismy, aby se...
|
|
|
Bioinformatic analysis of RNA dynamics during mammalian oocyte-to-embryo transition
Horvat, Filip ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Bruce, Alexander (oponent) ; Vioristo, Sanna (oponent)
Přeměna oocytu na emryo (oocyte-to-embryo transition, OET) je složitý biologický proces, při kterém terminálně diferencovaný oocyt podstupuje řadu koordinovaných změn, aby dal vznik souboru totipotentních buněk - blastoméře předimplantačního embrya. U savců je tento proces kontrolován převážně mechanismy posttranskripční regulace. Technologické pokroky v metodách sekvenování nové generace během poslední dekády umožnily studovat OET pomocí bioinformatických analýz transkriptomických a genomických datových sad. Práce předložená v této disertaci zkoumá mechanismy posttranskripční regulace a dynamiku různých RNA během OET pomocí podrobných výpočetních analýz. Práce je rozdělena do tří témat, která pokrývají různé aspekty regulace OET u savců a ilustrují role různých druhů RNA. První téma, které je v této práci popsáno, se zabývá složením a dynamikou maternálního transkriptomu u myší. Ve svém výzkumu jsme zkoumali roli deadenylázy CNOT6L při odbourávání maternálních mRNA u myší. Poskytli jsme důkazy, že subfertilita zvířat s defektem Cnot6l pravděpodobně souvisí s narušením deadenylace a degradace maternálních mRNA uložených v oocytu. V další studii jsme pomocí výpočetní analýzy zkoumali evoluční historii a funkci Sirena1, nejhojněji zastoupené lncRNA v myším oocytu. Analýza diferenciální exprese myších...
|
|
|
Gene expression analysis on a subgene level
Kloda, František ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy.
|
|
|
Transcriptional changes associated with melanoma resistance to small inhibitor treatment
Dorčáková, Terézia ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Modrák, Martin (oponent)
Malignı' melanom je agresivnı' kozňı' na'dor s rostoucı' incidencı' a, v pokrocˇily'ch sta'diı'ch, omezeny'mi le'cěbny'mi vy'sledky. Hlavnı' onkogennı' zmeňou u melanomu je mu- tacňı' aktivace proteinu B-Raf, s prěvla'dajı'cı' mutacı' V600E, ktera' se vyskytuje v 60% prˇı'padu˚ a hyperaktivuje signa'lnı' dra'hu ERK. Tato kaska'da proteinkina'z Raf, MEK a ERK je nedı'lnou soucˇa'stı' evolucňeˇ konzervovane' signa'lnı' sı'teˇ, ktera' umozňˇuje eukary- oticky'm bunˇka'm vnı'mat ru˚zne' extracelula'rnı' signa'ly. Tyto proteinkina'zy se postupneˇ navza'jem aktivujı' a prěva'deˇjı' extracelula'rnı' signa'ly na bunečňou odpoveďˇ, jako je pro- liferace, diferenciace, zmeňy bunečňe'ho cyklu, apopto'za cˇi migrace buneˇk. U'strědnı' role dra'hy ERK v onkogenezi z nıúcˇinila jeden z cı'lu˚ terapeuticky'ch za'sahu˚ a inhibitory cı'lene' na mutovany' Raf byly schva'leny i pro le'cˇbu melanomu, naprˇ. vemurafenib cˇi dabrafenib. Tyto molekuly cı'lı' specificky na B-Raf(V600E) a vedly k revoluci v le'cˇbeˇ melanomu. Bo- huzěl takto cı'lenou le'cˇbu komplikuje schopnost na'dorovy'ch buneˇk zı'skat rezistenci. Cı'lem te'to pra'ce je studovat na transkripcňı' u'rovni vznik te'to rezistence u pacientu˚, kterˇı' na le'cˇbu odpovı'dajı' dobrě, a u tečh, jejichzˇ na'dory rezistenci zı'ska'vajı'...
|
|
| |
|
|
Single-cell RNA sequencing in leukemia
Brodská, Johana ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Obr, Adam (oponent)
Leukémie je nádorové onemocnění krvetvorby postihující celý organismus. V současné době je již dostupných mnoho variant léčby na všechny typy této nemoci, avšak stále není možné pacienta vždy plně uzdravit. Metoda single-cell RNA sekvenování poskytuje nový vhled do heterogenity nádorových i nenádorových buněk v prostředí leukémií. Tato práce si klade za cíl krátce představit tuto metodu a její historii a vyzdvihnout dosavadní poznatky o leukémiích získané její pomocí. Klíčová slova leukémie (AML, CML, ALL, CLL), sekvenování, scRNA-seq, buňky, transkriptom, léčba
|
|
|
Analýza transkriptomu tasemnice Mesocestoides corti
Korená, Lucie ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Některé druhy parazitů včetně helmintů mohou v hostiteli inhibovat karcinogenezi. Protinádorový efekt byl v minulosti prokázán u tasemnic Taenia crassiceps a Echinococcus granulosus, u kterých byly identifikovány geny související s regresí rakoviny. V rámci výzkumu Helmintologické laboratoře katedry Parazitologie Přf UK byl zjištěn efekt suprese melanomu u tasemnicí Mesocestoides corti, avšak mechanismus účinku zatím zůstává neznámý. Pro navazující výzkum bylo důležité získat komplexní molekulární data v podobě transkriptomu vývojových stadií M. corti. Tato práce se zabývá studiem transkriptomického profilu tasemnice M. corti a rozdílem v genové expresi u tasemnic kultivovaných in vitro a v myších hostitelích (inbrední a outbrední kmen) pomocí metody RNA-seq. Cílem bylo nalézt upregulované transkripty tasemnic v myších hostitelích, které by mohly mít potenciální vliv na regresi rakoviny. Byla provedena analýza diferenciální genové exprese, ze které vyplývá, že tasemnice v myších hostitelích (bez ohledu na kmen) mají více upregulovaných transkriptů než tasemnice kultivované in vitro. Analýzou vysoce upregulovaných transkriptů tasemnic v myších hostitelích bylo identifikováno několik transkriptů, které byly zmíněny ve vědeckých článcích jako možné supresory rakoviny. Mezi ně patří například KATNA1,...
|
host ::
RSS.